โครงสร้างการบริหารงานโรงเรียนบ้านห้วยกอกหนองเค็ม สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสกลนคร เขต 1 ประกอบด้วย ๔ งาน ดังต่อไปนี้

๑. การบริหารวิชาการ

๒. การบริหารงบประมาณ

๓. การบริหารงานบุคคล

๔. การบริหารงานทั่วไป